深圳新哲书院初中课程设置的优势在于使学生既能达到国外中学课程的英语能力要求,又使学生的数理化学术能力强于其他国际学校的学生,同时,书院还开设了丰富的人文、艺术、体育以及课外社团课程，持续激发学生的学习兴趣。而高中课程在英语能力培养课程、批判性思维课程以及博雅(通识)课程的基础上,开设多达25门的AP (美国大学先修)课程,数量丰富，即使在美国的优质私立高中也并不多见。

深圳新哲书院提供预备七年级至十二年级的初高中国际教育，初中课程基于普林斯顿附属中学课程体系，课程设置包括中文、英语、数学、科学、人文科学、艺术与音乐、信息技术等，使学生既能达到国外中学课程的英语能力要求，又使学生的数学、科学、人文科学的学术能力强于其它国际学校的学生。
该课程通过启发和引导式的student-centered教学法，让孩子更早的适应国际课程体系对语言能力和批判性思维和博雅教育方面的要求。从初中开始，学生能够接受原汁原味的多元化国际初中课程的教育培养，让学生无缝衔接美式、英式高中课程体系。
同时蕴含文、理、艺多样化科目则能从不同维度为孩子成长提供德智体美劳发展的全面支持，这些课程设置所蕴含的愿景正是对学校核心价值观“做更好的自己，建更好的世界”的最佳诠释。我们的学生将立足中国情怀，以双语双文化的态度形成国际化视野和价值观，并通过全方位学术、课外活动培养、道德品格塑造为世界输出全能型

数学Math
AP计算机科学、AP微积分AB 
AP微积分BC、多元微积分 
AP统计学、AP计算机概论

科学Science
AP物理&2、AP化学 
AP物理C-力学 
AP物理C-电磁学 
AP生物、科学实验
有机化学、AP环境科学
AP心理学

人文Humanities
AP微观经济学 
AP宏观经济学 
AP世界史、AP美国历史 
AP欧洲史、AP文学
AP英语语言与写作

艺术与音乐Art&Music
AP平面设计 
AP音乐理论 
AP艺术史