前，阻碍电子商务广泛应用的首要也是最大的问题就是安全问题。有关资料显示：对563家企业、大学及政府机关的调查表明，85%都出现过不同程度上的欺骗与盗窃事件以及病毒的发作，总损失达数亿美元。美国每年信息与网络安全问题所造成的经济损失达

75美元。企业电脑安全受到侵犯的比例从1996年的42%升到1997年的49%。

 Internet的诞生并不是因为商业目的，而是为了能方便地共享计算机资源，因而Internet开放有余，而严密不足，要在Internet上进行安全性要求高的商业活动就有点力不从心。为此，业内人士早在倡导电子商务伊始便致力于认证等技术，以保证数据的保密性、完整性和不可抵赖性。比较有效的方式是政府参与管理，通过制定维护协调运作和管理规则，使得每个电子商务商家和消费者如果不遵守这个环境的运作规则就难达到自己的商业目的。如果信息本身具有防拦截的功能，将会补充Internet的不足。 在中国，目前中国银行、招商银行、建行等都已能够办理网上实时支付，至少在技术上已经不成问题。

 然而现实的情况却是在网上进行实时支付的企业与个人少之又少，大部分采取的仍然是网上交易，网下支付，形式也多种多样，有传统支付方式，也有货到付款。
 那么为什么大多数的交易者不采用方便、快捷的网上实时支付方式呢？究其原因，信用证制度的不完善、安全认证没有统一的标准等等都致使企业和个人消费者对网上支付的可靠性缺乏足够的信心。因此，应尽快建立有关安全认证的统一法律法规。电子商务的核心问题是“数据信息”，知识产权法律制度作为保护信息为内容的知识产权的法律手段，应当成为电子商务法律问题研究中的重要课题。尽管信息保护的技术手段例如加密技术等能够对知识产权的保护提供帮助，但足够和有效的知识产权法律制度对于知识产权人提供确定的权利范围、预防侵犯知识产权行为方面仍然是非常必要的。
 网络上涉及到的知识产权问题常常包括网络技术给版权、专利权和商标权等制度带来的新问题。与网络技术关系最密切的还得数版权保护的新问题。信息技术不但给版权制度保护客体带来了新的内容，而且对原有的版权权利内涵提出了新的挑战，同时也就给版权侵权的认定带来了新的问题。由于贸易的无形化和便捷化而使知识产权保护变得更加困难，软件、唱片、报刊文章、新闻广播、股市行情、机票信息、旅游咨询等均为无形的产品和服务，过去这些知识产品都被赋予某种形式，加以特定包装，从某一储存地发送到客户手中，而现在这些无形商品的内容可以通过Internet以电子形式传送。知识产权的所有者，如软件开发商、艺术家、唱片商、电影制片厂、作家以及出版部门都担心通过Internet的数字拷贝和传递，导致版权侵权。传统的关于版权的国内立法和国际公约能否适应网络发展的需求仍有疑问。为了适应网络这一生命力十分强大的新事物的发展要求，世界各国纷纷修改自己的版权法，相关的国际组织也致力于这方面的研究，尤其是世界知识产权组织通过的两个条约---《世界知识产权组织版权条约》和《世界知识产权组织表演与录音条约》对网上的版权的保护和利用作出了相应的规定，为各国立法提供了参考和依据。

 在专利领域，网络技术也提出了新的问题。例如，计算机软件能否成为专利制度保护的客体；

Internet的广泛性和开放性对专利的“新颖性”特点提出了挑战，发明人通过电子信箱与同事通信中，披露了自己的有关发明，这是否构成“公开”，是否影响该发明获得专利时应有的“新颖性”；还有在专利的电子申请方式中涉及的法律问题等等，这些都是在网络环境中需要讨论和解决的问题。

 在商标领域，也存在网络技术带来的新问题。例如，在“Internet”的“域名”作为一种在Internet 上的地址名称，在区分不同的站点用户上起着非常重要的作用。在电子商务中，域名作为公司在Internet上的标志和形象，与实际商务活动中商标很相似，同样也是属于知识产权的范畴。域名抢注问题在电子商务的推进中越来越突出，与商标的被抢注一样，域名的被抢注同样是企业的知识产权被侵犯。商标被抢注之后，目前企业有商标法可以解决，而域名的抢注问题却很难有一个统一的办法来制约。域名抢注问题不解决，对电子商务活动的开展将会造成恶劣的后果，需要法律作出规定并进行解决。
 与电子商务有关的知识产权法律问题很多，由于Internet的开放性和广泛性，在其上的知识产权法律冲突就呈现出复杂性，有些问题在现有的法律制度中还很难以找到解决的方法，目前，在各国都已经发生大量有关网络的知识产权纠纷，充分证明在电子商务中知识产权保护仍然是不容忽视的法律领域，需要政府尽快制定和实施相关的法律来规范。