1．一体化问题

 电子政务一体化即业务关联性较强的政府信息化系统之间的一体化，如银行、税收、财务管理系统的一体化问题。标准不统一、管理流程不畅通等是企业电子商务建设中的老问题，如今在电子政务建设中依然存在。目前中国政府机构复杂，彼此间缺乏沟通，为电子政务的建设带来了不小的困难。各地在没有统一规划、统一标准的情况下一哄而上地建设电子政务将造成前所未有的巨大损失，并将为未来全国电子政务网络的建设构成极大障碍。
  2．数字鸿沟问题
 随着政府e化的加深，电子政务反而可能进一步强化社会不均，因为最需要政府提供服务的人往往是那些无法上网、无力应用高科技手段的弱势群体。若数字鸿沟的问题不能得到很好的解决，将有可能加大贫富分化，导致“强者愈强、弱者愈弱”的局面出现。而尽管中国已经拥有3300万上网人口，数字鸿沟仍是一个较为严重的问题。为此，中国政府应向其他国家学习，如意大利的波哥纳向所有居民提供免费上网和电子邮件服务；牙买加和印度等国家利用公共场所建立低收费上网场所；加拿大和新加坡向低收入家庭提供

IT补助或赠送二手电脑等。

  3．电子政务计划成功率问题

 作为一个近年来才兴起的项目，电子政务还处于一个发展的时期，电子政务的相关概念也还在发展之中。这就使得即使是电子政务发展最快的国家，能够做到双向互动或事务处理的电子政务项目尚不足30%，能对现有政府形态实施电子政务改造的就更少了。调查显示，
2000年美国有23%的相关项目被撤销，仅有28%的项目成功，大部分项目都只能称之为部分成功而并不能完全达到目的。如何提高电子政务项目的成功率是现阶段中国电子政务建设亟待解决的难题。
 4．安全性问题
 电子政务提供科学决策、监管控制、大众服务的功能，信息安全是其成功的保证。解决好信息共享与保密性、完整性的关系、开放性与保护隐私的关系、互联性与局部隔离的关系，是实现“安全的”电子政务的前提。电子政务是电子政务系统的重要组成部分。电子政务最终目标是建设政府办公自动化、面向决策支持、面向公众服务的综合平台。因此电子政务系统一方面要求考虑政府内部网络的安全，另一方面要求考虑面向公众服务的网络安全。电子政务行使政府职能的特点导致来自外部或内部的各种攻击，包括黑客组织、犯罪集团或信息战时期信息对抗等国家行为的攻击。同时，网络办公自动化也导致依赖性的增强。依赖性必然产生脆弱性，包括技术的脆弱性、社会的脆弱性、人的脆弱性。